In posizione particolarmente felice dal punto di vista paesaggistico, protetta dalle montagne alle spalle e affacciata al fiume, con ottime possibilità di collegamenti naturali, Cividate ha avuto, probabilmente, fin dai tempi preistorici, grande importanza. Entra tuttavia nella storia come la Civitas Camunnorum dei Romani, punto di riferimento e aggregazione di tutte le genti della Valle e modello avanzato della romanità.
Su un impianto urbanistico caratterizzato da una griglia di elementi ortogonali, vennero costruiti edifici pubblici, il teatro, l'anfiteatro, le terme, il tempio e ville private di ampia struttura e ricca decorazione.
Con l'avvento del Cristianesimo fu una delle prime Pievi della Valle, la più importante, con giurisdizione su un vasto territorio, fin verso la metà del secolo XII, quando cominciarono a staccarsi le parrocchie di Borno, Niardo, Esine. Pur oscurata per importanza da Breno, Cividate continuò ad essere una delle principali curie del feudo vescovile ed è probabile che vi abbia risieduto anche il castellano incaricato della difesa del feudo.

Accanto al feudatario si formò nel secolo XII la Vicinia degli originari, che amministrava la Comunità con propri statuti.
Molte furono le calamità che, nei secoli, si abbatterono su Cividate; si ricorda la peste del 1630 e le numerose alluvioni, l'ultima delle quali nel 1960. Durante la II Guerra Mondiale, Cividate fu il centro della Resistenza camuna e specialmente della divisione Fiamme Verdi, il cui comando rimase in Canonica fino al 1945; nella villa Giustina si stampò "Valcamonica ribelle" e altre pubblicazioni partigiane. Per ciò che riguarda il nome, l'antico Civitas Camunnorum dei tempi della dominazione romana venne volgarizzato in Civitatis, Cevethate nel Medioevo, in Civedato nel '600 per arrivare a Cividate nel '800.
Con Decreto Reale del 1863 il nome venne fissato in Cividate Alpino, in seguito per distinguere il paese da Cividate al Piano in provincia di Bergamo, nel 1887 venne cambiato in Cividate Camuno.
Nel 1927 avvenne una nuova trasformazione in Cividate-Malegno; nel 1947, con la separazione di Malegno ritornava il nome di Cividate Camuno.